(1) lựa chọn thiết bị. Có một số vấn đề trong việc lựa chọn thiết bị dược phẩm, chẳng hạn như lựa chọn theo kinh nghiệm (không tính toán thực tế hoặc tính toán dữ liệu không đầy đủ), theo đuổi sự tiến bộ một cách mù quáng và điều tra dữ liệu vật lý không đầy đủ, ảnh hưởng nghiêm trọng đến tính khả thi và tính kinh tế của thiết bị.

(2) Lắp đặt thiết bị và đào tạo. Trong quá trình lắp đặt thiết bị dược phẩm, tiến độ thi công thường được chú trọng mà bỏ qua chất lượng thi công, dẫn đến chi phí bảo trì thiết bị tăng lên trong giai đoạn sau. Ngoài ra, việc đào tạo không đầy đủ cho nhân viên bảo trì và vận hành thiết bị cũng tiềm ẩn rủi ro đối với công tác quản lý và bảo trì thiết bị dược phẩm.

(3) Đầu tư chưa đủ vào quản lý và bảo trì tin học. Hiện nay, mặc dù nhiều doanh nghiệp rất coi trọng việc quản lý và bảo trì thiết bị, cũng như việc quản lý hồ sơ bảo trì thiết bị và ghi lại các thông số cơ bản, nhưng vẫn còn một số vấn đề tồn tại, chẳng hạn như khó cung cấp dữ liệu bảo trì liên tục, thiếu thông tin đặc tả thiết bị dược phẩm hiệu quả, chẳng hạn như thông số kỹ thuật, bản vẽ, v.v., điều này vô hình làm tăng thêm khó khăn trong việc quản lý, bảo trì và tái cấu trúc thiết bị.

(4) hệ thống quản lý. Việc thiếu hệ thống và phương pháp quản lý hiệu quả dẫn đến việc quản lý nhân viên bảo trì thiết bị dược phẩm không đầy đủ, công việc của nhân viên bảo trì thiếu tính chuẩn hóa, quá trình quản lý và bảo trì thiết bị dược phẩm tiềm ẩn những nguy hiểm về an toàn.